Il collegio quando fu inaugurato constava di tre corpi di fabbrica, a destra, a sinistra e dietro la chiesa. Mancava ancora il quarto piano sull'attuale via Boiardo, di 21 celle, costruito subito dopo dal P. Luigi da Parma. Nel 1930 la necessità di dovere accogliere un numero di studenti in continuo aumento, tanto per il perfezionamento degli studi ecclesiastici che per una adeguata preparazione nel campo missionario, sull'area del giardino, prospiciente il viale Manzoni, vennero costruite tre altre ale di fabbrica, progettate dall'ingegnere Enrico Campa, che sono la sede del Pontificio Ateneo Antoniano che il 17 maggio 1933, con decreto della S. Congregazione dei Seminari e delle Università degli Studi, veniva canonicamente eretto, con diritto di conferire i gradi accademici in S. Teologia, in Diritto Canonico e in Filosofia degli alunni dell'Ordine, come era stato domandato. Il 14 giugno 1938, il Sommo Pontefice Pio XI lo insigniva, poi, del titolo di Pontificio e il 15 agosto dello stesso anno ne approvava gli Statuti.
All'Università dei frati minori, così costituita, mancava una grande aula che, oltre a riunire tutti gli studenti, potesse accogliere coloro che in determinate circostanze desiderano ascoltare la parola della fede e della sapienza; come pure mancavano le aule adatte per le lezioni e i locali adatti per la importante biblioteca, incrementatasi attraverso gli anni, così che oggi conta circa 200.000 volumi.
Furono incaricati gli architetti Mario Paniconi e Giulio Pediconi di redigere un progetto che soddisfacesse alle necessità predette. Nacquero, così, l'Aula Magna «Maria Assunta», con capienza di circa 2.000 posti, la Biblioteca, con capienza di circa 100.000 volumi, oltre il deposito in altra parte, e le nuove aule scolastiche, i cui lavori iniziati nel 1947, sospesi nel 1949, furono ultimati nel 1956.
La Curia generalizia che, prima tra le istituzioni, aveva fatto il suo ingresso nel Collegio il 17 agosto 1887, dopo 60 anni, il 29 novembre 1947, ne usciva per entrare nella nuova sede costruita, dal 1942 al 1947, su progetto dell'architetto Giovanni Muzio, sul colle del Gelsomino, a sinistra della via Aurelia, unicamente per la residenza del Governo centrale dell'Ordine.
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